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设为“星标”，精彩可以过

两样本孟德尔立时化专用R包TwoSampleMR，可以和 IEU open GWAS 数据库无缝一语气，可通过在线的面目班师查询数据库资源，并完了分析、下载等功能。

除此以外，还可以使用腹地数据进行MR分析，是现在用的最多的MR分析R包，企业-维媛艺饲料有限公司惟有你作念MR分析， 永康市锐戈工具有限公司基本上不行能绕过这个包。是以我崇拜学习了它的官方文档， 企业-伊科远水产有限公司整理下共享给各人~

本文目次：

装配

overview

基础使用

敏锐性分析

Steiger见解性西宾

1-to-many forest plot

例1

例2

多变量MR（MVMR）

MR-MoE

整合所灵验率

remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")

使用TwoSampleMR进行MR分析主要等于4步：

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班师使用IEU的API， 于田县东匹土特产有限公司使用在线的面目查询、分析、索要IEU open GWAS 数据库中的器具变量。这个功能其实是借助ieugwasr完了的。

率先咱们要摄取适应的炫夸要素和结局，炫夸要素我这里选的是BMI（body mass index），玻璃包装结局选的是CHD（冠心病）。也等于我思沟通BMI对冠心病的因果联系。

BMI在IEU open GWAS 数据库中的ID是ieu-a-2，CHD的ID是ieu-a-7。

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选好之后，等于用代码查询炫夸和结局关联的SNP。

在索要炫夸要素关联的器具变量时，会自动进行去除连锁叛逆衡的SNP，由于这一步是在线进行的，需要联网，是以这一步对收罗有条件，有可能会频频失败，此时咱们也可以下载数据到腹地进行经管（下次再讲），也可以取得同样的效劳。

索要结局关联的SNP这一步亦然在线进行的，也有可能会失败。

harmonise_data这一步是必须的玻璃包装，以确保炫夸和结局的SNP的效应等位基因是同样的。

library(TwoSampleMR)# Registered S3 method overwritten by 'data.table':#   method           from# print.data.table     # TwoSampleMR version 0.5.8 # [>] New: Option to use non-European LD reference panels for clumping etc# [>] Some studies temporarily quarantined to verify effect allele# [>] See news(package='TwoSampleMR') and https://gwas.mrcieu.ac.uk for further details# List available GWASs#ao <- available_outcomes()# 索要炫夸关联的SNPexposure_dat <- extract_instruments("ieu-a-2"， access_token = NULL)# API: public: http://gwas-api.mrcieu.ac.uk/#save(exposure_dat，file = "./ieu/exposure_data_ieu-a-2.rdata")# 索要结局关联的SNPoutcome_dat <- extract_outcome_data(snps=exposure_dat$SNP，                                     outcomes = "ieu-a-7"，                                    access_token = NULL)# Extracting data for 79 SNP(s) from 1 GWAS(s)#save(outcome_dat， file = "./ieu/outcome_data_ieu-a-7.rdata")# 妥洽数据dat <- harmonise_data(exposure_dat， outcome_dat)# Harmonising Body mass index 




            

                
                
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